Γύρω στα 1629-30 μ.Χ. καινούργια δοκιμασία έπληξε το ευλογημένο νησί της Κέρκυρας. Αρρώστια μεταδοτική και θανατηφόρα, το κτύπησε αυτή τη φορά χωρίς διάκριση και έλεος. Ήταν πανώλης (πανούκλα). Άνδρες και γυναίκες, νέοι και γέροι, πλούσιοι και πτωχοί προσβάλλονται καθημερινά από την επάρατη νόσο και πεθαίνουν τόσο στην πόλη, όσο και στην ύπαιθρο, τα χωριά. Η διοίκηση του νησιού με τα πρώτα κρούσματα σπεύδει να ψηφίσει και να διαθέσει ένα τεράστιο ποσό, για να περιορίσει την εξάπλωση της αρρώστιας. Άδικα όμως αγωνίζεται. Σε λίγο καιρό η ωραία Κέρκυρα πάει να ερημώσει.

Τα καταστήματα τόσο στην πόλη, όσο και στα μεγάλα κέντρα έχουν κλείσει. Η αγορά νεκρώθηκε. Οι δρόμοι έχουν αδειάσει. Μονάχα μερικά αλογοσυρόμενα κάρα κινούνται κάπου-κάπου φορτωμένα με πτώματα για να μεταφέρουν το μακάβριο φορτίο τους έξω από την πόλη για ταφή σε ομαδικούς τάφους. Εικόνα τραγική παρουσιάζει ολόκληρο το νησί.

Κάποια μέρα στη συμφορά αυτή την κοσμογονική ο πιστός και πονεμένος λαός παρά τις συστάσεις των ιατρών να αποφεύγει τον συνωστισμό, τολμά και σπεύδει να κατακλύσει τον ιερό ναό του αγίου και με συντριβή ψυχής και δάκρυα καυτά να εκζητήσει τη μεσιτεία του. Κι η σωτηρία δεν αργεί. Προσφέρεται γρήγορα και πλούσια.

Ο ιστορικός της Κέρκυρας Ανδρέας Μάρμορας που ζούσε Τότε, μας λέγει, πως η τρομερή επιδημία, παρά την έλλειψη σχετικών φαρμάκων, σε λίγο περιορίστηκε στο ελάχιστο και μέχρι την Κυριακή των Βαΐων σταμάτησε τελείως. Όλες τις νύκτες κατά τις οποίες η πόλη δοκιμαζόταν από την αρρώστια, πάνω από το ναό του αγίου φαινόταν κάτι σαν φως μιας υπερκόσμιας κανδήλας. Ήταν το σημάδι πως ο άγιος αγρυπνούσε και φρουρούσε τον λαό του. Έτσι το εξήγησαν οι πιστοί. Το φως το έβλεπαν συνέχεια οι νυχτερινοί σκοποί των φρουρίων.

Η τρομερή αυτή επιδημία, η πανώλης, παρουσιάστηκε και δεύτερη φορά στην Κέρκυρα μετά από σαράντα περίπου χρόνια, το 1673 μ.Χ. Και τούτη τη φορά η αρρώστια ξαπλώθηκε γρήγορα σε πόλεις και χωριά. Τα κρούσματα υπήρξαν πάμπολλα. Το δρεπάνι του θανάτου θέριζε κι αυτή τη φορά καθημερινά ένα μεγάλο αριθμό από τους κατοίκους.

Στις παρακλήσεις του λαού του ο θαυματουργός άγιος έσπευσε να ανεβάσει και πάλι στον θρόνο της θείας Μεγαλωσύνης, τη συντριβή και τα δάκρυα του πιστού λαού μαζί με τα δικά του και να εκζητήσει και να λάβει τάχιστα το ουράνιο έλεος και τη σωτηρία του. Τα λόγια του Πνεύματος του Θεού «επικάλεσαί με εν ημέρα θλίψεώς σου και εξελούμαί σε και δοξάσεις με» (ψαλμ. μθ', 15) βρήκαν και στην περίπτωση αυτή πλήρη την εφαρμογή τους. Στις ικεσίες του θείου ιεράρχη και του μετανοημένου λαού η απάντηση δεν άργησε να δοθεί. Τα κρούσματα μέρα με τη μέρα ελαττώθηκαν στο ελάχιστο και τις τελευταίες μέρες του Οκτώβρη σταμάτησαν απότομα. Κι αυτή τη φορά στην κορυφή του καμπαναριού για τρεις νύχτες έβλεπαν οι πιστοί ένα σταθερό φως, και μέσα σ' αυτό το υπερκόσμιο φως, τον θαυματουργό άγιο να αιωρείται και μ' ένα Σταυρό στο χέρι να καταδιώκει ένα κατάμαυρο φάντασμα, την αρρώστια, που προσπαθούσε να αποφύγει τον άγιο και να σωθεί.

Η ευγνωμοσύνη κι οι ευχαριστίες του πιστού λαού υπήρξαν και πάλι μεγάλες. Με θέσπισμα της Ενετικής διοικήσεως καθιερώθηκε από τότε κάθε πρώτη Κυριακή του Νοεμβρίου να γίνεται πανηγυρική και παλλαϊκή λιτάνευση του ιερού Σκηνώματος, για να θυμάται ο λαός κι ιδιαίτερα η νέα γενεά τον αληθινό και άγρυπνο προστάτη και Σωτήρα της.